《合金装备5幻痛》以战争的隐形机制为核心题材，聚焦一名雇佣兵在失去一切后试图重建自我与势力的过程。故事穿过阿富汗的荒野、幽暗的海域基地和雇佣军网络，揭示军队背后的商业逻辑、情感创伤以及道德边界的模糊。叙述采用片段式记忆、任务结果与人物对话的拼接，给予玩家对身份与信任的多层思考。

主角以 Venom Snake 的形象出现，外观与名字仿佛新的战线领袖。实质上他承载着 Big Boss 的记忆碎片与身体替身的身份，戏剧性地将个人命运与传奇传说交错在一起。这层设定让玩家在行动之余思考自我究竟属于谁，记忆是否能被他人重塑成另一种现实。

时间背景固定在冷战尾声的地理边陲，阿富汗山谷的风暴与秘密行动并行。玩家会在多处据点完成潜入、救援或破坏任务，情报网、空中支援与暗地交易构成行动的基础。通过任务剪影与独白，系统性地揭示为何不同势力争夺同一片天地，谁在推动冲突向前推进。

母基地是游戏最具标志性的机制之一，资源、兵员与科技来自全球招募，基地规模越大，战力与情报系统越完整。构建的不仅是军事力量，更是一种组织伦理的试验场：若为了胜利而牺牲无辜是否值得，拥庞大杰出团队的同时是否也承载巨大责任。

玩法强调潜行与自由度，玩家可通过隐蔽路线、变线撤离或正面对抗完成目标。巷战、空袭、潜艇穿越等多样手段让策略层面变得丰富。每次行动后的情报回顾与队友评价提醒玩家对后果保持警惕，策略选择会在后续任务中产生连锁效应。

对手阵营的结构反映了复杂的地缘关系，神秘势力与野心家们的目标并非单一。故事中的人物关系错综复杂，记忆与动机的揭示常常与个人创伤相连，战争从来不仅是胜负那么简单。

叙事里隐藏的谜题涉及真实身份与虚假信任，玩家需要在对话与行动间追踪线索。某些同伴看似可靠，背后却潜藏不同的动机，推动玩家反思何谓忠诚与背叛。

结局不以简单的胜利收尾，母基地的未来、队员的去留以及对手网络的瓦解方式都会因行动选择而呈现不同走向。音乐、画面与静默处理共同传达一种对战争代价的温和悲悯，留下关于人性与责任的长久萦绕。